Interní auditor je podřízen řediteli školy, funkčně nezávislý a organizačně oddělen od řídících výkonných struktur školy. Plní úkoly interního auditu stanovené zákonem o finanční kontrole ve veřejné správě, prováděcí vyhláškou a interními akty řízení ředitele školy k provedení zákona. Při provádění auditní činnosti postupuje podle mezinárodních standardů pro profesní praxi interního auditu.